COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 4.396055 4.396055 5.014639
2021-06-01 17:00:00 3.974708 3.974708 5.016278
2021-05-31 17:00:00 6.024495 6.024495 5.161920
2021-05-30 17:00:00 5.381092 5.381092 5.252337
2021-05-29 17:00:00 4.844236 4.844236 5.318822
2021-05-28 17:00:00 5.163768 5.163768 5.420213
2021-05-27 17:00:00 5.687444 5.687444 5.557264

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 6.008969 6.008969 4.378629
2021-06-01 17:00:00 2.958580 2.958580 4.312426
2021-05-31 17:00:00 4.658385 1.432665 4.377491
2021-05-30 17:00:00 5.263158 5.263158 4.499508
2021-05-29 17:00:00 5.334627 5.334627 4.597115
2021-05-28 17:00:00 4.261645 4.261645 4.753943
2021-05-27 17:00:00 5.079365 5.079365 4.879163

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 10.054348 10.054348 9.371852
2021-06-01 17:00:00 6.382979 6.382979 9.676122
2021-05-31 17:00:00 8.219178 1.612903 10.083927
2021-05-30 17:00:00 7.949791 7.949791 10.403366
2021-05-29 17:00:00 10.747664 10.747664 10.874488
2021-05-28 17:00:00 18.210863 18.210863 11.313969
2021-05-27 17:00:00 13.022113 13.022113 11.626094

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 5.307356 5.307356 5.581534
2021-06-01 17:00:00 4.335091 4.335091 5.487055
2021-05-31 17:00:00 4.726368 4.726368 5.343206
2021-05-30 17:00:00 7.037975 7.037975 5.376891
2021-05-29 17:00:00 5.789990 5.789990 5.403915
2021-05-28 17:00:00 4.502573 4.502573 5.572300
2021-05-27 17:00:00 6.661865 6.661865 5.832651

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 5.206656 5.206656 5.079240
2021-06-01 17:00:00 5.278716 5.278716 5.124044
2021-05-31 17:00:00 9.299280 3.844852 5.133923
2021-05-30 17:00:00 5.404267 5.404267 5.236476
2021-05-29 17:00:00 4.015528 4.015528 5.295231
2021-05-28 17:00:00 6.497752 6.497752 5.381943
2021-05-27 17:00:00 5.692012 5.692012 5.551411

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 6.219313 6.219313 9.187777
2021-06-01 17:00:00 5.535437 5.535437 9.197289
2021-05-31 17:00:00 18.359375 9.236060 9.833116
2021-05-30 17:00:00 11.156782 11.156782 10.212033
2021-05-29 17:00:00 12.556054 12.556054 10.461450
2021-05-28 17:00:00 11.476868 11.476868 11.055699
2021-05-27 17:00:00 12.301216 12.301216 11.689914

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 2.266839 2.266839 2.290645
2021-06-01 17:00:00 1.408451 2.446256 2.291383
2021-05-31 17:00:00 1.709402 2.296755 2.297212
2021-05-30 17:00:00 2.784603 2.784603 2.289736
2021-05-29 17:00:00 3.830645 2.288984 2.291415
2021-05-28 17:00:00 1.474719 1.474719 2.319948
2021-05-27 17:00:00 2.588235 2.588235 2.362811

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 2.490851 2.490851 3.475128
2021-06-01 17:00:00 2.136518 3.243125 3.381450
2021-05-31 17:00:00 6.432599 6.432599 3.425989
2021-05-30 17:00:00 4.256622 4.256622 3.444283
2021-05-29 17:00:00 3.857753 3.857753 3.413107
2021-05-28 17:00:00 2.972484 2.972484 3.411410
2021-05-27 17:00:00 3.579574 3.579574 3.432432

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 2.871729 2.871729 3.096657
2021-06-01 17:00:00 1.314879 3.252595 3.055869
2021-05-31 17:00:00 4.071970 4.071970 3.062713
2021-05-30 17:00:00 2.928571 2.928571 3.062232
2021-05-29 17:00:00 3.687050 2.405576 3.080214
2021-05-28 17:00:00 3.473302 3.473302 3.093246
2021-05-27 17:00:00 2.625938 2.625938 3.208161

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 3.843875 3.843875 3.745640
2021-06-01 17:00:00 3.746140 3.746140 3.832188
2021-05-31 17:00:00 2.346250 1.037736 3.789324
2021-05-30 17:00:00 3.772652 3.772652 3.910018
2021-05-29 17:00:00 4.187209 4.187209 4.037329
2021-05-28 17:00:00 4.531121 4.531121 4.177849
2021-05-27 17:00:00 5.162778 5.162778 4.372497

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 7.467145 7.467145 5.713852
2021-06-01 17:00:00 3.297769 3.297769 5.760624
2021-05-31 17:00:00 11.086475 3.307972 5.685228
2021-05-30 17:00:00 5.339486 5.339486 5.708406
2021-05-29 17:00:00 5.511288 5.511288 5.815445
2021-05-28 17:00:00 6.109134 6.109134 6.063885
2021-05-27 17:00:00 8.195849 8.195849 6.350319

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 1.071429 1.071429 1.336952
2021-06-01 17:00:00 1.626016 1.626016 1.303542
2021-05-31 17:00:00 0.000000 0.000000 1.302698
2021-05-30 17:00:00 1.419878 1.419878 1.308040
2021-05-29 17:00:00 0.537634 0.537634 1.290926
2021-05-28 17:00:00 1.633987 1.633987 1.323889
2021-05-27 17:00:00 2.217742 2.217742 1.325027

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 4.485488 4.485488 5.045518
2021-06-01 17:00:00 1.995012 1.995012 5.219241
2021-05-31 17:00:00 3.666667 1.573677 5.421561
2021-05-30 17:00:00 8.450704 8.450704 5.728695
2021-05-29 17:00:00 4.857820 4.857820 5.836713
2021-05-28 17:00:00 7.324365 7.324365 6.078912
2021-05-27 17:00:00 9.190672 9.190672 6.330633

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 3.202847 3.202847 3.948307
2021-06-01 17:00:00 4.870624 4.870624 3.970204
2021-05-31 17:00:00 6.849315 1.308901 3.930881
2021-05-30 17:00:00 4.204204 4.204204 4.116377
2021-05-29 17:00:00 3.269755 4.712042 4.080558
2021-05-28 17:00:00 4.901961 4.901961 4.101005
2021-05-27 17:00:00 5.221339 5.221339 4.160521

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 3.800000 3.800000 4.318030
2021-06-01 17:00:00 4.249695 4.249695 4.461020
2021-05-31 17:00:00 5.287453 2.540835 4.400569
2021-05-30 17:00:00 6.535764 6.535764 4.552580
2021-05-29 17:00:00 2.903917 2.903917 4.738718
2021-05-28 17:00:00 4.704890 4.704890 4.962734
2021-05-27 17:00:00 5.654649 5.654649 5.209037

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 18.955513 18.955513 13.489428
2021-06-01 17:00:00 7.816804 7.816804 13.488034
2021-05-31 17:00:00 10.357403 10.357403 13.371480
2021-05-30 17:00:00 19.230769 50.641026 13.679891
2021-05-29 17:00:00 22.194719 22.194719 13.943689
2021-05-28 17:00:00 9.157509 9.157509 14.167784
2021-05-27 17:00:00 16.608997 16.608997 14.580539

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 2.309469 2.309469 1.901229
2021-06-01 17:00:00 1.860465 1.860465 1.892222
2021-05-31 17:00:00 2.253521 0.953800 1.916543
2021-05-30 17:00:00 3.397508 3.397508 1.906297
2021-05-29 17:00:00 1.158504 1.158504 1.892919
2021-05-28 17:00:00 2.666667 2.666667 1.926586
2021-05-27 17:00:00 1.590909 1.590909 1.953959

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 5.888346 5.888346 6.711916
2021-06-01 17:00:00 5.802777 5.802777 6.608078
2021-05-31 17:00:00 6.510220 9.424678 6.629803
2021-05-30 17:00:00 8.149883 8.149883 6.662768
2021-05-29 17:00:00 6.973374 6.973374 6.604385
2021-05-28 17:00:00 6.206385 6.206385 6.534525
2021-05-27 17:00:00 6.465226 6.465226 6.454165

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 2.801799 2.801799 3.425611
2021-06-01 17:00:00 3.112155 3.112155 3.468483
2021-05-31 17:00:00 5.666924 2.381338 3.529069
2021-05-30 17:00:00 4.166007 4.166007 3.689342
2021-05-29 17:00:00 3.054834 3.054834 3.810414
2021-05-28 17:00:00 4.101935 4.101935 3.956891
2021-05-27 17:00:00 4.330121 4.330121 4.188200

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 5.631399 5.631399 5.282003
2021-06-01 17:00:00 2.541106 2.541106 5.493738
2021-05-31 17:00:00 3.636364 0.994200 5.382164
2021-05-30 17:00:00 11.977186 11.977186 5.470044
2021-05-29 17:00:00 4.304636 4.304636 5.554438
2021-05-28 17:00:00 10.031847 10.031847 5.680049
2021-05-27 17:00:00 3.980100 3.980100 5.790478

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 6.779661 6.779661 8.366460
2021-06-01 17:00:00 5.797101 5.797101 8.775820
2021-05-31 17:00:00 38.461538 8.438819 8.565476
2021-05-30 17:00:00 11.188811 11.188811 8.582212
2021-05-29 17:00:00 12.865497 12.865497 8.877769
2021-05-28 17:00:00 3.361345 3.361345 8.951525
2021-05-27 17:00:00 8.139535 8.139535 9.163536

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-02 17:00:00 5.050505 5.050505 7.434172
2021-06-01 17:00:00 5.541035 5.541035 7.458161
2021-05-31 17:00:00 4.803843 13.370697 7.668161
2021-05-30 17:00:00 7.132668 7.132668 7.754709
2021-05-29 17:00:00 7.197383 7.197383 7.887370
2021-05-28 17:00:00 8.076923 8.076923 8.091791
2021-05-27 17:00:00 8.962963 8.962963 8.296281

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.008969 6.008969 4.378629
Basilicata 10.054348 10.054348 9.371852
Calabria 5.307356 5.307356 5.581534
Campania 5.206656 5.206656 5.079240
Emilia-Romagna 6.219313 6.219313 9.187777
Friuli Venezia Giulia 2.266839 2.266839 2.290645
Lazio 2.490851 2.490851 3.475128
Liguria 2.871729 2.871729 3.096657
Lombardia 3.843875 3.843875 3.745640
Marche 7.467145 7.467145 5.713852
Molise 1.071429 1.071429 1.336952
P.A. Bolzano 4.485488 4.485488 5.045518
P.A. Trento 3.202847 3.202847 3.948307
Piemonte 3.800000 3.800000 4.318030
Puglia 18.955513 18.955513 13.489428
Sardegna 2.309469 2.309469 1.901229
Sicilia 5.888346 5.888346 6.711916
Toscana 2.801799 2.801799 3.425611
Umbria 5.631399 5.631399 5.282003
Valle d'Aosta 6.779661 6.779661 8.366460
Veneto 5.050505 5.050505 7.434172

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Wed Jun 2 18:04:44 2021 revision 311, 63935b9e